各二級單位，機關及直屬各部門：
上海市科委發(fā)布《2025年度關鍵技術研發(fā)計劃“計算生物學”申報指南的通知》。具體通知如下：
一、征集范圍
專題一、生物大數(shù)據(jù)共性算法
方向1、基因組大數(shù)據(jù)智能分析算法
研究目標：建立基因組大數(shù)據(jù)分析的理論體系，發(fā)展獨立自主的基因組大數(shù)據(jù)挖掘算法及軟件，性能相比國際主流算法提升10%以上。
研究內容：面向人類基因組學大數(shù)據(jù)，建立個體基因組局部祖源推斷的深度學習模型，發(fā)展人群和個體遺傳本源推斷的生成式人工智能算法，重構遺傳本源的時空網絡，揭示高度人口流動社會的遺傳結構動態(tài)演化過程。
執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過150萬元。
方向2、微生物組學智能分析算法
研究目標：發(fā)展獨立自主的微生物組學分析算法，相比領域內主流算法，表型關聯(lián)的核心菌群和驅動因子識別等算法的性能提升10%以上。
研究內容：開發(fā)微生物組學數(shù)據(jù)分析挖掘的人工智能算法，完善微生物基因目錄和蛋白組成，建立健康人群微生物組學數(shù)據(jù)模擬器，開發(fā)微生物-微生物和宿主-微生物互作模型，動態(tài)預測微生物變化及其影響，揭示并驗證微生物與宿主表型關聯(lián)及其因果關系。
執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過150萬元。
方向3、多模態(tài)空間組學數(shù)據(jù)整合算法
研究目標：開發(fā)多模態(tài)、跨樣本空間組學數(shù)據(jù)整合算法，精準解析特定生理病理過程中的細胞時空演化規(guī)律，性能相比國際主流算法提升10%以上。
研究內容：發(fā)展空間多模態(tài)組學數(shù)據(jù)增強、跨模態(tài)對齊與生成、空間網絡解析的智能算法，實現(xiàn)數(shù)據(jù)的有效降噪、整合，構建基因調控網絡及細胞通訊網絡，解析腫瘤等疾病的時空演化機制，揭示腫瘤耐藥等過程關鍵的空間結構及多細胞互作靶點。
執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過150萬元。
方向4、生命系統(tǒng)調控理論與算法
研究目標：發(fā)展細胞命運和生命節(jié)律等生命過程調控的動力學模型和定量理論，揭示復雜生命系統(tǒng)的調控策略，性能相比國際主流算法提升10%以上。
研究內容：面向生命節(jié)律和細胞命運等復雜生命過程，發(fā)展定性和定量的普適理論，建立生命過程調控的動力學模型，揭示生命過程的重要調控因素和機制，發(fā)現(xiàn)生命系統(tǒng)調控的重要靶點，并在睡眠障礙等疾病診療中進行應用。
執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過150萬元。
專題二、蛋白質設計改造
方向1、蛋白質復合物動態(tài)結構模擬
專題三、AI藥物發(fā)現(xiàn)
方向1、高藥效藥物設計方法開發(fā)與應用
方向2、靶向蛋白藥物設計方法開發(fā)與應用
方向3、高效活體藥物篩選的定量算法開發(fā)和應用
研究目標：開發(fā)活體成像技術和活體藥物篩選系統(tǒng)，提升藥物與活體動物動態(tài)行為表型的實時追蹤和關系解析能力，發(fā)現(xiàn)2個以上候選小分子藥物，獲得動物水平有效性評價報告。
研究內容：開發(fā)高時空分辨動物活體成像技術，建立表型藥物快速篩選體系，構建涵蓋不同藥物作用下的多參數(shù)動物表型數(shù)據(jù)庫，發(fā)展基于活體表型的藥效AI預測模型，發(fā)現(xiàn)具有高成藥性的候選小分子藥物。
執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過250萬元。
申報主體要求:本市企業(yè)，或本市高校、科研院所聯(lián)合本市企業(yè)共同申報（須掃描上傳正式合作協(xié)議）。
方向4、中藥藥物篩選方法開發(fā)與應用
研究目標：構建多模態(tài)中藥知識圖譜，研發(fā)中醫(yī)辨證與網絡藥理學融合的可解釋推理模型，闡明2種以上中藥組方的多維效應機制，獲得動物水平有效性評價報告。
研究內容：建立融合中醫(yī)辨證論治和網絡藥理學的多模態(tài)中醫(yī)藥知識圖譜，開發(fā)“癥狀-化學成分-網絡靶標-通路-病證效應”的可解釋推理模型，實現(xiàn)中藥組方的多成分、多靶點、多通路的多維藥效機理的闡釋，并在動物水平開展驗證評價。
執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過250萬元。
申報主體要求:本市企業(yè)，或本市高校、科研院所聯(lián)合本市企業(yè)共同申報（須掃描上傳正式合作協(xié)議）。
專題四、臨床應用技術
方向1、傳染病大模型構建與應用
研究目標：建立多模態(tài)數(shù)據(jù)驅動的傳染病大模型，提升重大傳染病的防控能力，實現(xiàn)對新發(fā)突發(fā)和重大傳染病防控的輔助決策，并通過預警準確、溯源一致等量化指標進行效能評價。
研究內容：挖掘傳染病關聯(lián)的基因組學、影像學、臨床數(shù)據(jù)等多模態(tài)數(shù)據(jù)之間的潛在聯(lián)系，抽取醫(yī)學先驗知識中的邏輯規(guī)則，構建高質量傳染病數(shù)據(jù)集，開發(fā)具備強泛化性和可解釋性的知識推理傳染病大模型，實現(xiàn)傳染病風險識別、流調甄別、基因溯源和人群風險管理等場景的深度應用。
執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
方向2、眼科大模型構建與應用
研究目標：開發(fā)大模型知識推理算法，構建多模態(tài)眼科大模型，實現(xiàn)大模型輔助下的慢病精準篩查，在5家以上社區(qū)推廣應用。
研究內容：建立多模態(tài)數(shù)據(jù)編碼、融合與對齊框架，探索慢性腎病、心腦血管等疾病在眼底數(shù)據(jù)中的表征機制，構建應用于慢病精準推理大模型，為患者提供個性化、全方位的健康評估方案，推進社區(qū)慢病智能篩查的普及。
執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
方向3、兒童白血病精準診療技術開發(fā)與應用
專題五、前瞻性技術
方向1、虛擬細胞技術開發(fā)
方向2、AI賦能類器官技術開發(fā)
研究目標：面向人類疾病建模、藥物篩選等應用場景，建立重大疾病的類器官構建技術，構建疾病特異性的類器官體系和體外藥物篩選系統(tǒng)。
研究內容：通過整合類器官的多組學和空間轉錄組等數(shù)據(jù)，解析患者個體化類器官細胞發(fā)育譜系，實現(xiàn)藥物新靶點的自動化發(fā)現(xiàn)；開發(fā)基于類器官的體外篩藥系統(tǒng)，建立個體化治療的藥物篩選策略，提高類器官技術在藥物篩選、疾病機理研究等領域的應用水平。
執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
經費額度：非定額資助，擬支持不超過2個項目，每項資助額度不超過200萬元。
二、申報方式
1.項目申報采用網上申報方式，無需送交紙質材料。請申請人通過“上海市科技管理信息系統(tǒng)”（svc.stcsm.sh.gov.cn）進入“項目申報”，進行網上填報，由申報單位對填報內容進行網上審核后提交。【初次填寫】使用“一網通辦”登錄（如尚未注冊賬號，請先轉入“一網通辦”注冊賬號頁面完成注冊），進入申報指南頁面，點擊相應的指南專題，進行項目申報；【繼續(xù)填寫】使用“一網通辦”登錄后，繼續(xù)該項目的填報。
2.每個方向限額申報1項，請各二級單位于4月12日11點前提交本部門預申報清單，學校根據(jù)申報情況擇優(yōu)上報。
科研處
2025年3月25日
