各二級(jí)單位，機(jī)關(guān)及直屬各部門(mén)：
上海市科委發(fā)布《2025年度關(guān)鍵技術(shù)研發(fā)計(jì)劃“計(jì)算生物學(xué)”申報(bào)指南的通知》。具體通知如下：
一、征集范圍
專(zhuān)題一、生物大數(shù)據(jù)共性算法
方向1、基因組大數(shù)據(jù)智能分析算法
研究目標(biāo)：建立基因組大數(shù)據(jù)分析的理論體系，發(fā)展獨(dú)立自主的基因組大數(shù)據(jù)挖掘算法及軟件，性能相比國(guó)際主流算法提升10%以上。
研究?jī)?nèi)容：面向人類(lèi)基因組學(xué)大數(shù)據(jù)，建立個(gè)體基因組局部祖源推斷的深度學(xué)習(xí)模型，發(fā)展人群和個(gè)體遺傳本源推斷的生成式人工智能算法，重構(gòu)遺傳本源的時(shí)空網(wǎng)絡(luò)，揭示高度人口流動(dòng)社會(huì)的遺傳結(jié)構(gòu)動(dòng)態(tài)演化過(guò)程。
執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過(guò)1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過(guò)150萬(wàn)元。
方向2、微生物組學(xué)智能分析算法
研究目標(biāo)：發(fā)展獨(dú)立自主的微生物組學(xué)分析算法，相比領(lǐng)域內(nèi)主流算法，表型關(guān)聯(lián)的核心菌群和驅(qū)動(dòng)因子識(shí)別等算法的性能提升10%以上。
研究?jī)?nèi)容：開(kāi)發(fā)微生物組學(xué)數(shù)據(jù)分析挖掘的人工智能算法，完善微生物基因目錄和蛋白組成，建立健康人群微生物組學(xué)數(shù)據(jù)模擬器，開(kāi)發(fā)微生物-微生物和宿主-微生物互作模型，動(dòng)態(tài)預(yù)測(cè)微生物變化及其影響，揭示并驗(yàn)證微生物與宿主表型關(guān)聯(lián)及其因果關(guān)系。
執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過(guò)1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過(guò)150萬(wàn)元。
方向3、多模態(tài)空間組學(xué)數(shù)據(jù)整合算法
研究目標(biāo)：開(kāi)發(fā)多模態(tài)、跨樣本空間組學(xué)數(shù)據(jù)整合算法，精準(zhǔn)解析特定生理病理過(guò)程中的細(xì)胞時(shí)空演化規(guī)律，性能相比國(guó)際主流算法提升10%以上。
研究?jī)?nèi)容：發(fā)展空間多模態(tài)組學(xué)數(shù)據(jù)增強(qiáng)、跨模態(tài)對(duì)齊與生成、空間網(wǎng)絡(luò)解析的智能算法，實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的有效降噪、整合，構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)及細(xì)胞通訊網(wǎng)絡(luò)，解析腫瘤等疾病的時(shí)空演化機(jī)制，揭示腫瘤耐藥等過(guò)程關(guān)鍵的空間結(jié)構(gòu)及多細(xì)胞互作靶點(diǎn)。
執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過(guò)1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過(guò)150萬(wàn)元。
方向4、生命系統(tǒng)調(diào)控理論與算法
研究目標(biāo)：發(fā)展細(xì)胞命運(yùn)和生命節(jié)律等生命過(guò)程調(diào)控的動(dòng)力學(xué)模型和定量理論，揭示復(fù)雜生命系統(tǒng)的調(diào)控策略，性能相比國(guó)際主流算法提升10%以上。
研究?jī)?nèi)容：面向生命節(jié)律和細(xì)胞命運(yùn)等復(fù)雜生命過(guò)程，發(fā)展定性和定量的普適理論，建立生命過(guò)程調(diào)控的動(dòng)力學(xué)模型，揭示生命過(guò)程的重要調(diào)控因素和機(jī)制，發(fā)現(xiàn)生命系統(tǒng)調(diào)控的重要靶點(diǎn)，并在睡眠障礙等疾病診療中進(jìn)行應(yīng)用。
執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過(guò)1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過(guò)150萬(wàn)元。
專(zhuān)題二、蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)改造
方向1、蛋白質(zhì)復(fù)合物動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu)模擬
專(zhuān)題三、AI藥物發(fā)現(xiàn)
方向1、高藥效藥物設(shè)計(jì)方法開(kāi)發(fā)與應(yīng)用
方向2、靶向蛋白藥物設(shè)計(jì)方法開(kāi)發(fā)與應(yīng)用
方向3、高效活體藥物篩選的定量算法開(kāi)發(fā)和應(yīng)用
研究目標(biāo)：開(kāi)發(fā)活體成像技術(shù)和活體藥物篩選系統(tǒng)，提升藥物與活體動(dòng)物動(dòng)態(tài)行為表型的實(shí)時(shí)追蹤和關(guān)系解析能力，發(fā)現(xiàn)2個(gè)以上候選小分子藥物，獲得動(dòng)物水平有效性評(píng)價(jià)報(bào)告。
研究?jī)?nèi)容：開(kāi)發(fā)高時(shí)空分辨動(dòng)物活體成像技術(shù)，建立表型藥物快速篩選體系，構(gòu)建涵蓋不同藥物作用下的多參數(shù)動(dòng)物表型數(shù)據(jù)庫(kù)，發(fā)展基于活體表型的藥效AI預(yù)測(cè)模型，發(fā)現(xiàn)具有高成藥性的候選小分子藥物。
執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過(guò)1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過(guò)250萬(wàn)元。
申報(bào)主體要求:本市企業(yè)，或本市高校、科研院所聯(lián)合本市企業(yè)共同申報(bào)（須掃描上傳正式合作協(xié)議）。
方向4、中藥藥物篩選方法開(kāi)發(fā)與應(yīng)用
研究目標(biāo)：構(gòu)建多模態(tài)中藥知識(shí)圖譜，研發(fā)中醫(yī)辨證與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)融合的可解釋推理模型，闡明2種以上中藥組方的多維效應(yīng)機(jī)制，獲得動(dòng)物水平有效性評(píng)價(jià)報(bào)告。
研究?jī)?nèi)容：建立融合中醫(yī)辨證論治和網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的多模態(tài)中醫(yī)藥知識(shí)圖譜，開(kāi)發(fā)“癥狀-化學(xué)成分-網(wǎng)絡(luò)靶標(biāo)-通路-病證效應(yīng)”的可解釋推理模型，實(shí)現(xiàn)中藥組方的多成分、多靶點(diǎn)、多通路的多維藥效機(jī)理的闡釋?zhuān)⒃趧?dòng)物水平開(kāi)展驗(yàn)證評(píng)價(jià)。
執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過(guò)1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過(guò)250萬(wàn)元。
申報(bào)主體要求:本市企業(yè)，或本市高校、科研院所聯(lián)合本市企業(yè)共同申報(bào)（須掃描上傳正式合作協(xié)議）。
專(zhuān)題四、臨床應(yīng)用技術(shù)
方向1、傳染病大模型構(gòu)建與應(yīng)用
研究目標(biāo)：建立多模態(tài)數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)的傳染病大模型，提升重大傳染病的防控能力，實(shí)現(xiàn)對(duì)新發(fā)突發(fā)和重大傳染病防控的輔助決策，并通過(guò)預(yù)警準(zhǔn)確、溯源一致等量化指標(biāo)進(jìn)行效能評(píng)價(jià)。
研究?jī)?nèi)容：挖掘傳染病關(guān)聯(lián)的基因組學(xué)、影像學(xué)、臨床數(shù)據(jù)等多模態(tài)數(shù)據(jù)之間的潛在聯(lián)系，抽取醫(yī)學(xué)先驗(yàn)知識(shí)中的邏輯規(guī)則，構(gòu)建高質(zhì)量傳染病數(shù)據(jù)集，開(kāi)發(fā)具備強(qiáng)泛化性和可解釋性的知識(shí)推理傳染病大模型，實(shí)現(xiàn)傳染病風(fēng)險(xiǎn)識(shí)別、流調(diào)甄別、基因溯源和人群風(fēng)險(xiǎn)管理等場(chǎng)景的深度應(yīng)用。
執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過(guò)1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過(guò)200萬(wàn)元。
方向2、眼科大模型構(gòu)建與應(yīng)用
研究目標(biāo)：開(kāi)發(fā)大模型知識(shí)推理算法，構(gòu)建多模態(tài)眼科大模型，實(shí)現(xiàn)大模型輔助下的慢病精準(zhǔn)篩查，在5家以上社區(qū)推廣應(yīng)用。
研究?jī)?nèi)容：建立多模態(tài)數(shù)據(jù)編碼、融合與對(duì)齊框架，探索慢性腎病、心腦血管等疾病在眼底數(shù)據(jù)中的表征機(jī)制，構(gòu)建應(yīng)用于慢病精準(zhǔn)推理大模型，為患者提供個(gè)性化、全方位的健康評(píng)估方案，推進(jìn)社區(qū)慢病智能篩查的普及。
執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過(guò)1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過(guò)200萬(wàn)元。
方向3、兒童白血病精準(zhǔn)診療技術(shù)開(kāi)發(fā)與應(yīng)用
專(zhuān)題五、前瞻性技術(shù)
方向1、虛擬細(xì)胞技術(shù)開(kāi)發(fā)
方向2、AI賦能類(lèi)器官技術(shù)開(kāi)發(fā)
研究目標(biāo)：面向人類(lèi)疾病建模、藥物篩選等應(yīng)用場(chǎng)景，建立重大疾病的類(lèi)器官構(gòu)建技術(shù)，構(gòu)建疾病特異性的類(lèi)器官體系和體外藥物篩選系統(tǒng)。
研究?jī)?nèi)容：通過(guò)整合類(lèi)器官的多組學(xué)和空間轉(zhuǎn)錄組等數(shù)據(jù)，解析患者個(gè)體化類(lèi)器官細(xì)胞發(fā)育譜系，實(shí)現(xiàn)藥物新靶點(diǎn)的自動(dòng)化發(fā)現(xiàn)；開(kāi)發(fā)基于類(lèi)器官的體外篩藥系統(tǒng)，建立個(gè)體化治療的藥物篩選策略，提高類(lèi)器官技術(shù)在藥物篩選、疾病機(jī)理研究等領(lǐng)域的應(yīng)用水平。
執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過(guò)2個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過(guò)200萬(wàn)元。
二、申報(bào)方式
1.項(xiàng)目申報(bào)采用網(wǎng)上申報(bào)方式，無(wú)需送交紙質(zhì)材料。請(qǐng)申請(qǐng)人通過(guò)“上海市科技管理信息系統(tǒng)”（svc.stcsm.sh.gov.cn）進(jìn)入“項(xiàng)目申報(bào)”，進(jìn)行網(wǎng)上填報(bào)，由申報(bào)單位對(duì)填報(bào)內(nèi)容進(jìn)行網(wǎng)上審核后提交。【初次填寫(xiě)】使用“一網(wǎng)通辦”登錄（如尚未注冊(cè)賬號(hào)，請(qǐng)先轉(zhuǎn)入“一網(wǎng)通辦”注冊(cè)賬號(hào)頁(yè)面完成注冊(cè)），進(jìn)入申報(bào)指南頁(yè)面，點(diǎn)擊相應(yīng)的指南專(zhuān)題，進(jìn)行項(xiàng)目申報(bào)；【繼續(xù)填寫(xiě)】使用“一網(wǎng)通辦”登錄后，繼續(xù)該項(xiàng)目的填報(bào)。
2.每個(gè)方向限額申報(bào)1項(xiàng)，請(qǐng)各二級(jí)單位于4月12日11點(diǎn)前提交本部門(mén)預(yù)申報(bào)清單，學(xué)校根據(jù)申報(bào)情況擇優(yōu)上報(bào)。
科研處
2025年3月25日
